西药评价体系不宜于中医中药显而易见，主要在四个方面：
一、学科标准的不合理性
科学是多元的，中医学既然是独立的科学体系，其评价标准就必须按照中医学自身的客观规律进行，否则就是违背学科规则。物理学没有因为牛顿力学和能量守恒定律而否定相对论，医药领域同样不能因为西医的广泛应用而否定中医学。将西医西药管理模式作为一种“科学”标准套用于中医中药，无异于基督教徒阐释佛经。世界卫生组织对此亦已有所认识，例如在2007年世界药学大会上，WHO传统医学处处长、传统和替代医学协调员张小瑞女士表示，传统医药的复杂性，决定其作用机制的研究和药物研发、评价，不能简单套用化学药研究的标准。西药研发的思维方式是，当身体生病时，一定存在着某种致病因子，要治疗疾病，就必须分析出这种因子来加以干预。而传统医药学的共同特征，以一种“整体”的观点看待病人，通过身体、情绪、心理、生活环境等多种因素的共同调节，使人体达到“平衡”。所以，中医药必须建立起有别于西医西药的独立的评价论证体系。
二、有效成份论的不合理性
1、中药讲有效成份，牛头不对马嘴 西医针对的是疾病或病原体，西药的靶作用在于有效成份；中医针对的是病人，是整体生命状态，有效成份论不属于中医学理论体系。中药配伍理论基于药物的四气五味，升降浮沉和归经。白虎汤治疗暑热型乙型脑炎，六味地黄丸的代谢产物，都足以证明有效成份论或有效部位论用于中药评价的不合理性。数千年乃至上万年前，人类就以谷麦、果蔬和猎物为食，那时候何曾懂得定粉、蛋白质、氨基酸？如果要等到知道定粉、蛋白蛋、氨基酸对人体的作用后才能进食，无疑也就没有了人类。
2、有效成份论与原药材功效不符 单味中药是各种有效成份的一个复方，中医对某一药性的定位，等于是对该复方综合功能的归纳，以有效成份论将其支离分解，自然也就不再是原药材的功能。以麻黄为例，麻黄在中医学上的主要功效是发表、平喘、利水、升提阳气，仲景《伤寒论》主要用于解表。西药标准对麻黄认定的主要有效成份是麻黄素（即麻黄碱），该成份仅对平喘有效，无发表、利水、升阳功效，主要功效反而被排斥在外，如何体现其“科学”性？
黄连黄柏两药都含黄连素，西药标准认定的主要有效成份都是黄连素（盐酸小檗碱），主用于抗菌消炎。但在中医学里，该二药的应用差别较大：黄连入心肺脾胃经，主用于清泻中上焦心胃火热，凉肝胆，常与细辛、吴萸等热药反佐使用；黄柏归肾膀胱经，主清下焦相火，多与寒凉或燥湿药配伍，配伍知母用于退热除蒸，配伍苍术用于湿热足痿。一味黄连素，能体现该二药的不同配伍功能吗？
桂枝汤与桂枝加桂枝汤，药味、成份都完全相同，仅仅桂枝加桂枝汤的桂枝用量比桂枝汤多一倍，然而两方功效迥异，一治表虚有有汗，一治奔肠喘逆，有效成份论能予以解释吗？
3、西药标准没能力证明复方中药的成份关系 当今的所谓“高科技”，所谓“分子水平”只能局限于对简单成份的认定，没有能力窥其中药复方之全豹。中药申请药品文号按有效成份操作，其难度自然比西药大大增加，因为每味中药都有多少种甚至几十上百种成份，复方更是不计其数。当今的所谓“现代化”，根本就没有能力搞清所有成份，更没有能力证明其不同成份间的相互作用关系。由于这种技术水平的限制，超过20味中药的复方注册，往往被要求缩减至十几味以内，药味愈少愈好。可以想象，一种不得不面目全非的中药，其有效性还能剩下几何？为什么现今的众多中药新药缺乏疗效？为什么很多中药产品侧重于所谓“高科技”的制剂技术而宁可放弃疗效？这就是答案！
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